スーパーＧＴ第2戦、FUJI GT 500KM RACEの公式予選1回目が5月3日午前、新装成った富士スピードウェイで行われた。
　GT500では#38ZENTセルモスープラを駆る立川祐路が1分33秒591のトップタイムを記録したものの、ホワイトラインカットを犯したためにタイム抹消の裁定が下され、#6エッソウルトラフロースープラを駆る脇阪寿一の33秒902がトップに繰り上がる波乱の結末となった。
　GT300のトップは#0のEBBRO M-TEC NSXの黒澤治樹で、タイムは1分41秒159だった。

　前に行われたヴィッツレースで赤旗が出た影響で、当初予定から約15分遅れてGTの予選1回目が開始された。
　まずはGT300の専有走行。
　開始早々から好タイムを出してきたのは、#0のNSXを駆る細川慎弥。すぐに#27のヴィーマック、#10のフェラーリらが細川のタイムを上回るものの、0号車は黒澤治樹にチェンジしてすぐにトップを取り返す。結局ここで出た1分41秒159がこのセッションのベストタイムとなった。
　専有セッションも終盤に差し掛かった頃、#110のボクスターがコースオフ。コースのすぐ脇に停止してしまったために赤旗が提示される。
　結局、この中断を持って専有セッションは終了、GT500の専有で予選は再開された。

　GT300の専有中に、コース上にオイルを撒いた車両があったため、始めは走行を控えるチームが相次ぎ、漸く上位陣がアタックを開始したのは残り10分を切ってからだった。
　この時点でトップに居たのは#3ハセミZ。それを残り5分のところで#22モチュールZを駆るクルムが上回るが、その直後に続々とスープラ勢が好タイムを連発し始め、予選上位を独占する格好となった。まずは#37、#36のトムス勢、続いて#6エッソウルトラフロースープラが相次いでタイミングモニターのトップに躍り出る。#32エプソンNSXのロッテラーも好調だ。
　しかし残り2分を切った時点で#38立川が1分33秒591と、昨日の公式練習のタイムを大きく上回る好タイムを叩き出し、昨日にひき続いてトップに立った。

　GT500の専有に続いて両クラスの混走セッションが開始されたが、GT500の立川、GT300の黒沢が出したタイムを上回るものは現れなかった。
　このため両者ともトップで午後のスーパーラップに臨むものと思われたが、セッション終了後に立川のホワイトラインカットが発覚、ベストタイム抹消のジャッジが下されて#6エッソスープラがトップに繰り上がることとなった。

　スーパーGT第2戦の予選2回目、スーパーラップは、午後3時30分より行われる。