| Pos. | No. | ドライバー | エントラント | シャシー | エンジン | Time | Delay | Gap |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 12 | ﾌｧﾋﾞｵ･ｶﾙﾎﾞｰﾝ | ThreeBond | DALLARA F305 | SR20VE | 2'07.285 | - | - |
| 2 | 14 | ﾏﾙｺ･ｱｽﾏｰ | ThreeBond | DALLARA F305 | SR20VE | 2'08.096 | 0.811 | 0.811 |
| 3 | 2 | 伊沢 拓也 | Honda･戸田FIGHTEX | DOME F107 | MF204C | 2'08.391 | 1.106 | 0.295 |
| 4 | *36 | 大嶋 和也 | TDP TOM'S F305 | DALLARA F305 | 3S-GE | 2'08.638 | 0.828 | 0.247 |
| 5 | 62 | 嵯峨 宏紀 | DENSO･ﾙﾎﾞｰｾF306 | DALLARA F306 | 3S-GE | 2'08.826 | 1.541 | 0.188 |
| 6 | *4 | ﾛﾍﾞﾙﾄ･ｽﾄﾚｲﾄ | INGING F306 | DALLARA F306 | 3S-GE | 2'09.113 | 0.672 | 0.287 |
| 7 | *1 | ｴｲﾄﾞﾘｱﾝ･ｽｰﾃｨﾙ | DHG TOM'S F305 | DALLARA F305 | 3S-GE | 2'09.300 | 0.845 | 0.187 |
| 8 | 75 | 池田 大祐 | EMS F306 | DALLARA F306 | 3S-GE | 2'09.422 | 2.137 | 0.122 |
| 9 | 37 | 安岡 秀徒 | TDP TOM'S F305 | DALLARA F305 | 3S-GE | 2'09.459 | 2.174 | 0.037 |
| 10 | 10 | 塚越 広大 | Honda 無限 F107 | DOME F107 | MF204C | 2'10.065 | 2.780 | 0.606 |
| 11 | 3 | ｼﾞｮﾆｰ･ﾘｰﾄﾞ | INGING F306 | DALLARA F306 | 3S-GE | 2'10.178 | 2.893 | 0.113 |
| 12 | 33 | 石浦 宏明 | 広島ﾄﾖﾀDALLARAF305 | DALLARA F305 | 3S-GE | 2'10.313 | 3.028 | 0.135 |
| 13 | 74 | 岡田 暁 | EMS F306 | DALLARA F306 | 3S-GE | 2'12.389 | 5.104 | 2.076 |
| 14 | 50 | 磯崎 元彦 | GOLDON ZAP F305 | DALLARA F305 | 3S-GE | 2'12.969 | 5.684 | 0.580 |
予選通過基準タイム（110%） 2'20.716
2006年全日本選手権ﾚｰｽﾌﾞﾙﾃﾝNo.002-2006に基づき、T4で提示された黄旗により、
下記のラップタイムを削除した。
No. 1 2'08.609 2'08.130
N0. 4 2'07.957 2'08.256
No.36 2'08.113