予選２回目
| Pos. | No. | ドライバー | エントラント | シャシー | エンジン | Time | Delay | Gap |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1 | ｴｲﾄﾞﾘｱﾝ･ｽｰﾃｨﾙ | DHG TOM'S F305 | DALLARA F305 | 3S-GE | 1' 45.736 | - | - |
| 2 | 10 | 塚越 広大 | Honda 無限 F107 | DOME F107 | MF204C | 1' 45.888 | -0.152 | -0.152 |
| 3 | 12 | ﾌｧﾋﾞｵ･ｶﾙﾎﾞｰﾝ | ThreeBond | DALLARA F305 | SR20VE | 1' 46.157 | -0.421 | -0.269 |
| 4 | 14 | ﾏﾙｺ･ｱｽﾏｰ | ThreeBond | DALLARA F305 | SR20VE | 1' 46.328 | -0.592 | -0.171 |
| 5 | 36 | 大嶋 和也 | TDP TOM'S F305 | DALLARA F305 | 3S-GE | 1' 46.496 | -0.760 | -0.168 |
| 6 | 62 | 嵯峨 宏紀 | DENSO･ﾙﾎﾞｰｾF306 | DALLARA F306 | 3S-GE | 1' 46.525 | -0.789 | -0.029 |
| 7 | 33 | 石浦 宏明 | 広島ﾄﾖﾀDALLARAF305 | DALLARA F305 | 3S-GE | 1' 46.526 | -0.790 | -0.001 |
| 8 | 2 | 伊沢 拓也 | Honda･戸田FIGHTEX | DOME F107 | MF204C | 1' 46.653 | -0.917 | -0.127 |
| 9 | 3 | ｼﾞｮﾆｰ･ﾘｰﾄﾞ | INGING F306 | DALLARA F306 | 3S-GE | 1' 46.773 | -1.037 | -0.120 |
| 10 | 75 | 池田 大祐 | EMS F306 | DALLARA F306 | 3S-GE | 1' 47.066 | -1.330 | -0.293 |
| 11 | 37 | 松村 浩之 | TDP TOM'S F305 | DALLARA F305 | 3S-GE | 1' 47.745 | -2.009 | -0.679 |
| 12 | 74 | 岡田 暁 | EMS F306 | DALLARA F306 | 3S-GE | 1' 47.780 | -2.044 | -0.035 |
| 13 | 50 | 磯崎 元彦 | GOLDON ZAP F305 | DALLARA F305 | 3S-GE | 1' 48.232 | -2.496 | -0.452 |
| 以上 | 予選通過車両 | |||||||
| 14 | 4 | ﾛﾍﾞﾙﾄ･ｽﾄﾚｲﾄ | INGING F306 | DALLARA F306 | 3S-GE | 計測できず | － | － |
予選通過基準タイム（110%） 1'56.310
【訂正理由】
2006全日本選手権レース ブルテンNo.002-2006により黄旗提示中のタイムを不採用とし、Car No.2のベストタイムを訂正した。